干旱胁迫严重制约菊花脑(Chrysanthemum nankingense)的生长发育，解析其耐旱分子机制对菊花品种改良具有较重要的意义。以10叶期菊花脑幼苗为材料，通过40%PEG-6000模拟干旱处理，结合转录组测序技术探究其响应干旱的分子调控网络。结果显示，干旱胁迫诱导了848个差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),其中，484个显著上调，364个下调。基因本体(Gene Ontology, GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析表明，DEGs主要参与脱落酸信号响应、脱水应激、活性氧清除及次生代谢物合成等生物学过程。木质素生物合成关键基因(PAL、F5H、CST、CCoAOMT、CAD)在干旱组中表达量显著提升，顶端和基部茎秆的木质素含量较对照组分别增加1.98倍和1.38倍，表明木质化增强可能是菊花脑适应水分缺失的重要策略。研究首次系统揭示了菊花脑在干旱响应中多通路协同调控的分子框架，能为耐旱基因挖掘及分子育种提供理论依据。